Ze závěru č. 76 ze zasedání poradního sboru ministra vnitra ke správnímu řádu ze dne 2. 3. 2009 a ze závěru č. 82 ze zasedání poradního sboru ministra vnitra ke správnímu řádu ze dne 22. 6. 2009:
Podle § 165 odst. 7 správního řádu se při přezkumu veřejnoprávní smlouvy použijí ustanovení o přezkumném řízení (§ 94 až 99 správního řádu) s výjimkou ustanovení o lhůtách pro zahájení a dokončení přezkumného řízení. Správní řád tak přezkum veřejnoprávní smlouvy z hlediska jeho časového určení neomezuje.
Po uplynutí doby platnosti veřejnoprávní smlouvy veřejnoprávní smlouva zaniká, a tedy ji není možné jako neexistující přezkoumávat z hlediska její případné nezákonnosti, resp. nemůže být nezákonná, pokud neexistuje.
Je třeba rozlišit případ, kdy je ve smlouvě omezena doba její platnosti a kdy je omezena pouze doba plnění závazků ze smlouvy vyplývajících. Ve druhém případě má uplynutí doby význam pouze na realizaci vzájemných práv a povinností mezi stranami, avšak nikoliv na samotnou existenci smlouvy. Zákonnost takové veřejnoprávní smlouvy by tedy bylo možné v přezkumném řízení přezkoumat.
Ačkoliv veřejnoprávní smlouva uplynutím doby své platnosti pozbývá právních účinků, i nadále mohou trvat některá dosud nevypořádaná práva nebo povinnosti vyplývající ze smlouvy, které mohou být předmětem sporného řízení. Z takové smlouvy tedy nemohou vznikat nová práva nebo povinnosti, avšak mohou existovat dříve vzniklá a nevypořádaná práva nebo povinnosti. V tomto ohledu lze konstatovat, že určitým způsobem trvají právní účinky veřejnoprávní smlouvy (nevypořádaná práva nebo povinnosti). Veřejnoprávní smlouva pak bude hlavním podkladem při řešení sporů týkajících se výše uvedených práv a povinností. Z tohoto úhlu pohledu je tedy žádoucí, aby bylo možné přezkoumávat její zákonnost, neboť v opačném případě by bylo nutné při řešení sporu po ukončení veřejnoprávní smlouvy vycházet z veřejnoprávní smlouvy, která je (resp. byla) nezákonná.
V této souvislosti je nutné upozornit, že zvláštní situace nastává v případě koordinačních veřejnoprávních smluv podle § 160 správního řádu, kterými dochází k přenosu pravomoci k výkonu státní správy (§ 160 odst. 5 správního řádu), resp. veřejné moci (§ 160 odst. 6 správního řádu), neboť se zde uplatní § 165 odst. 4 správního řádu, podle něhož se zrušení těchto veřejnoprávních smluv netýká úkonů učiněných vůči třetím osobám při výkonu převzaté působnosti. Stejné pravidlo se uplatní i v případě smluv podle § 161 správního řádu (subordinační), pokud se jimi převádí pravomoc k výkonu veřejné moci. V případě těchto smluv přezkum jejich zákonnosti po uplynutí doby jejich platnosti tedy pozbývá významu, neboť se i případně deklarovaná nezákonnost takové smlouvy nemůže dotknout úkonů učiněných na základě této smlouvy vůči třetím osobám. Přezkum by tak mohl mít význam leda z hlediska vzájemných práv a povinností mezi smluvními stranami (např. úhrada za výkon smlouvou přenesené působnosti apod.).
Zákonnost veřejnoprávní smlouvy lze i po uplynutí doby její platnosti, pokud byla tato doba přímo ve smlouvě sjednána, přezkoumávat v rámci sporného řízení vedeného o sporu vzniklém z této smlouvy. Správní orgán si v takovém případě podle § 57 odst. 1 písm. c) správního řádu učiní o zákonnosti veřejnoprávní smlouvy vlastní úsudek.
Podle § 165 odst. 2 správního řádu se zruší veřejnoprávní smlouva, která byla uzavřena v rozporu se zákonem. Přezkum tak zásadně slouží odstranění nezákonnosti veřejnoprávní smlouvy, která existovala již v době jejího uzavření. Pokud došlo k nezákonnosti veřejnoprávní smlouvy v důsledku změny právní úpravy po uzavření veřejnoprávní smlouvy, může podle § 167 odst. 1 písm. c) správního řádu strana veřejnoprávní smlouvy podat návrh na zrušení veřejnoprávní smlouvy. Pokud by takový návrh ostatní smluvní strany akceptovaly, zaniká veřejnoprávní smlouva podle § 167 odst. 2 správního řádu dnem, kdy písemný souhlas poslední ze smluvních stran došel smluvní straně, která návrh podala. Pokud by takový návrh nebyl ostatními stranami veřejnoprávní smlouvy akceptován, rozhodl by o zrušení veřejnoprávní smlouvy příslušný správní orgán. Veřejnoprávní smlouva v takovém případě zaniká právní mocí nebo předběžnou vykonatelností rozhodnutí o jejím zrušení.
To však nevylučuje možnost, aby na takovou nezákonnost upozornila příslušný správní orgán třetí osoba svým podnětem. V takovém případě však nelze připustit provedení přezkumného řízení podle § 165 správního řádu. Přitom lze vycházet z toho, že § 165 odst. 2 správního řádu omezuje přezkum veřejnoprávní smlouvy na zákonnost, jež existovala již v době uzavření veřejnoprávní smlouvy. Správní řád tak příslušnému správnímu orgánu neumožňuje přezkoumávat v přezkumném řízení nezákonnost veřejnoprávní smlouvy, která vznikla změnou právní úpravy po jejím uzavření. Na základě toho se lze domnívat, že pokud nastala nezákonnost veřejnoprávní smlouvy v důsledku změny právní úpravy po uzavření veřejnoprávní smlouvy a strana veřejnoprávní smlouvy nepodala návrh na zrušení veřejnoprávní smlouvy, nemůže takovou veřejnoprávní smlouvu zrušit příslušný správní orgán v přezkumném řízení podle § 165 správního řádu.
Podle § 165 odst. 1 správního řádu lze přezkoumávat soulad veřejnoprávní smlouvy s právními předpisy. Výpověď z veřejnoprávní smlouvy
je však úkonem jednostranným, kdy za podmínek § 166 odst. 2 správního řádu jedna smluvní strana projeví vůli ukončit veřejnoprávní smlouvu. Nejedná se narozdíl od dodatku smlouvy o součást veřejnoprávní smlouvy, ale o jednostranný úkon. Povahou se blíží spíše návrhu na zrušení veřejnoprávní smlouvy, byť takový návrh musí být akceptován ostatními smluvními stranami, jinak o něm rozhodne příslušný správní orgán ve sporném řízení. Výpověď tak nemůže být předmětem přezkumu zákonnosti v přezkumném řízení podle § 165 správního řádu. Pokud se některá smluvní strana domnívá, že výpověď z veřejnoprávní smlouvy byla podána v rozporu se zákonem, může podat návrh na zahájení spor ného řízení (obdobně jako by byl řešen spor v případě podání návrhu na zrušení veřejnoprávní smlouvy). Ve sporném řízení pak příslušný správní orgán rozhodne, zda byla výpověď z veřejnoprávní smlouvy podána v souladu se zákonem, a veřejnoprávní smlouva tak pozbyla právních účinků, nebo zda byla podána v rozporu se zákonem a veřejnoprávní smlouva nadále trvá.
Ze závěru č. 95 ze zasedání poradního sboru ministra vnitra ke správnímu řádu ze dne 11. 6. 2010:
Podle § 170 správního řádu lze při postupu podle části páté správního řádu (veřejnoprávní smlouvy) přiměřeně použít ustanovení části druhé správního řádu, tedy též § 73 správního řádu. Při zkoumání závaznosti veřejnoprávních smluv lze tedy vycházet z přiměřené aplikace § 73 správního řádu. Veřejnoprávní smlouvy musí být bezesporu závazné pro smluvní strany, neboť takový právní účinek je smlouvám jakéhokoliv typu vlastní.
Veřejnoprávní smlouva podle § 161 správního řádu by na základě přiměřeného užití § 73 odst. 2 správního řádu měla být závazná též ve vztahu ke všem správním orgánům.
V opačném případě by nebylo možné takovou veřejnoprávní smlouvu použít jako závazný podklad pro jiné rozhodnutí, což by vyvolávalo potíže zejména v případech řetězení rozhodnutí, kdy by jedno z rozhodnutí bylo nahrazeno veřejnoprávní smlouvou. V takových případech (například řetězení územního rozhodnutí a stavebního povolení) by tedy nebylo možné jako podklad pro navazující rozhodnutí předložit uzavřenou veřejnoprávní smlouvu nahrazující podkladové rozhodnutí (například ve stavebním řízení předložit smlouvu o umístění stavby, což by bylo v rozporu se smyslem právní úpravy stavebního zákona).
Rovněž lze přiměřeně aplikovat § 73 odst. 2 větu poslední správního řádu. Pokud tedy subordinační veřejnoprávní smlouva upravuje práva a povinnosti k věci (například veřejnoprávní smlouva podle § 78 stavebního zákona), přecházejí tato práva a povinnosti též na právního nástupce smluvní strany. V opačném případě by vznikal nedůvodný rozdíl v postavení účastníka při vydání územního rozhodnutí a smluvní strany v případě uzavření veřejnoprávní smlouvy…
