Ze závěru č. 71 ze zasedání poradního sboru ministra vnitra ke správnímu řádu ze dne 15. 12. 2008:
Podle § 149 odst. 1 správního řádu je závazné stanovisko úkonem vydávaným na základě zákona, který není samostatným rozhodnutím a jehož obsah je závazný pro výrokovou část rozhodnutí správního orgánu. Z § 177 odst. 2, resp. z § 158 odst. 1 a § 154 správního řádu lze podle názoru poradního sboru dovodit, že závazné stanovisko je vydáváno postupem podle části čtvrté správního řádu.
Podle § 149 odst. 4 správního řádu pokud odvolání směřuje proti obsahu závazného stanoviska, vyžádá si odvolací správní orgán potvrzení nebo změnu závazného stanoviska od správního orgánu nadřízeného správnímu orgánu, který závazné stanovisko vydal. Správní řád tudíž připouští odvolací námitky proti závaznému stanovisku. Odvolání ovšem směřuje proti rozhodnutí podmíněnému závazným stanoviskem, nikoliv proti závaznému stanovisku samotnému.
Vzhledem k účinkům závazného stanoviska (je závazné pro výrokovou část rozhodnutí, tedy přímo ovlivňuje práva a povinnosti vznikající, měnící se nebo zanikající na základě rozhodnutí) se tedy umožňuje, aby odvolatel ve svém odvolání napadal i závazné stanovisko, přičemž takové odvolací námitky jsou důvodem pro přezkum závazného stanoviska.
Dikce § 149 odst. 4 správního řádu zřejmě ani nevylučuje možnost, že by odvolání (námitky odvolatele) směřovalo pouze proti závaznému stanovisku. Přitom lze vycházet z toho, že závazné stanovisko má významné právní účinky a jeho nezákonnost může ovlivnit zákonnost rozhodnutí (viz § 149 odst. 5 a 6 správního řádu). Námitka ohledně zákonnosti závazného stanoviska tak do určité míry presumuje námitku ohledně zákonnosti rozhodnutí (uvedené platí obdobně i pro věcnou správnost závazného stanoviska, a to zejména tam, kde je obsah stanoviska věcí správního uvážení).
Ustanovení § 149 správního řádu však neupravuje postup, jakým bude závazné stanovisko v rámci odvolacího řízení potvrzeno nebo změněno. Příslušný správní orgán by měl obecně postupovat podle části čtvrté správního řádu, přičemž bude přezkoumávat zákonnost napadeného závazného stanoviska. S ohledem na základní zásady činnosti správních orgánů (zejména zásadu zákazu zneužití správního uvážení podle § 2 odst. 2 správního řádu a zásadu ochrany dobré víry podle § 2 odst. 3 správního řádu) je třeba připustit i přezkum správnosti napadeného závazného stanoviska.
Příslušný správní orgán si při přezkumu může na základě § 154 správního řádu vypomoci přiměřeným použitím § 89 odst. 2 správního řádu. Zákonnost napadeného závazného stanoviska by tedy měl přezkoumat bez ohledu na odvolací námitky v celém rozsahu, správnost pak pouze v rozsahu námitek. K vadám postupu při vydávání závazného stanoviska, o kterých lze mít důvodně za to, že nemohly mít vliv na soulad napadeného závazného stanoviska s právními předpisy, se nepřihlíží.
Příslušný správní orgán může napadené závazné stanovisko pouze potvrdit nebo změnit. Potvrdí je v případě, kdy bylo vydáno v souladu s právními předpisy, nebo v případě, kdy právní vady při jeho vydání nemohly ovlivnit jeho zákonnost (odstraňování takových vad by vedlo k totožnému závaznému stanovisku), a také v případě, kdy dojde na základě námitek rozporujících jeho správnost k závěru, že je věcně správné. Pokud příslušný správní orgán shledá právní nebo věcné vady napadeného závazného stanoviska, příslušným způsobem závazné stanovisko změní. Lze vycházet z toho, že příslušný správní orgán učiní úkon podle části čtvrté správního řádu.
Závaznost úkonu, kterým příslušný správní orgán potvrdil nebo změnil napadené závazné stanovisko, lze rovněž odvodit z § 149 odst. 1 a 4 správního řádu, z nichž vyplývá, že správní orgán je při vydávání rozhodnutí vázán takto změněným nebo potvrzeným závazným stanoviskem. Vzhledem k tomu, že změna stanoviska může spočívat i v tom, že jeho obsah, resp. obsah jeho "výrokové části“ bude zcela nahrazen, je změna závazného stanoviska z formálního hlediska závazným stanoviskem (tak jako je změna rozhodnutí v odvolacím řízení rozhodnutím); to má význam i z hlediska přezkumu, jelikož změna závazného stanoviska musí být závazným stanoviskem, aby byl možný přezkum podle § 149 odst. 5.
Podle 149 odst. 5 správního řádu může nezákonné závazné stanovisko zrušit nebo změnit v přezkumném řízení správní orgán nadřízený správnímu orgánu, který závazné stanovisko vydal (shodná instanční příslušnost je rovněž ve standardním přezkumném řízení). Jedná se o speciální právní úpravu ve vztahu k § 156 správního řádu. Podle § 156 odst. 2 správního řádu může nezákonný úkon učiněný postupem podle části čtvrté správního řádu zrušit správní orgán, který jej vydal nebo učinil, pokud trvají jeho právní účinky.
Při tomto postupu lze přiměřeně použít ustanovení hlavy IX. části druhé správního řádu o přezkumném řízení. Vzhledem k specifičnosti § 149 odst. 5 správního řádu se § 156 odst. 2 správního řádu nepoužije a ustanovení § 94 až 99 správního řádu by měla být aplikovatelná v širším rozsahu nežli v případě postupu podle § 156 odst. 2, neboť § 149 odst. 5 neodkazuje na pouhé přiměřené použití ustanovení o přezkumném řízení.
V § 149 odst. 5 věta druhá je stanoveno, že pokud správní orgán při své úřední činnosti zjistí, že jiný správní orgán učinil nezákonné závazné stanovisko, dá podnět správnímu orgánu příslušnému k přezkumnému řízení a vyčká jeho rozhodnutí; toto ustanovení však nelze interpretovat jako "aktivní legitimaci“ k podání podnětu k provedení přezkumu zákonnosti závazného stanoviska – přezkumné řízení je řízením z moci úřední, což platí i pro přezkum závazného stanoviska a podnět k němu tedy může dát ve smyslu § 94 odst. 1, resp. § 42 kdokoliv.
Z ustanovení o přezkumném řízení by měl být aplikován zejména § 94 odst. 1 správního řádu v části upravující podnět pro přezkumné řízení a povinnost správního orgánu vyrozumět podatele podnětu o tom, jakým způsobem bylo s jeho podnětem naloženo. Rovněž pak § 94 odst. 4 správního řádu upravující nemožnost přezkumného řízení, respektive důvod pro jeho zastavení. Při přezkumu podle § 149 odst. 5 správního řádu na základě podnětu lze využít i § 95 odst. 2 správního řádu upravující určitou obdobu autoremedury v přezkumném řízení, tedy na základě podnětu by mohl nezákonné závazné stanovisko zrušit nebo změnit správní orgán, který je vydal, pokud tím plně vyhoví podnětu a nemůže tím způsobit újmu třetí osobě, ledaže ta by s tím souhlasila. Z povahy věci pak nelze vyloučit ani zkrácený přezkum podle § 98 správního řádu.
Použitelné na přezkoumávání obsahu závazného stanoviska naopak nebude ustanovení o lhůtách pro zahájení, resp. rozhodnutí v přezkumném řízení (jedná se o § 96 odst. 1 a § 97 odst. 2). Pro přezkum zákonnosti závazného stanoviska by mělo být použito pravidlo vyplývající z § 156 odst. 2; bylo by možné jej zrušit po dobu, po níž trvají právní účinky (po uplynutí lhůty pro podání žádosti, popř. nařízení obnovy řízení by změna či zrušení závazného stanoviska již byly bezpředmětné).
Vzhledem k formě a obsahu závazného stanoviska nebude z povahy věci možné aplikovat rovněž některá další ustanovení týkající se přezkumného řízení; jedná se zejména o § 94 odst. 2 až 4, § 95 odst. 3 až 5, § 96 odst. 3 či o § 99.
Příslušný správní orgán nezákonné závazné stanovisko zruší nebo změní rozhodnutím, neboť se v § 149 odst. 5 správního řádu odkazuje na přezkumné řízení (jde o jiný postup než podle § 156 odst. 2, k němuž je § 149 odst. 5 speciální), a v přezkumném řízení se v těchto případech vydává rozhodnutí (viz § 97 odst. 3). Usnesení se vydává jen za předpokladu, že tak stanoví zákon (viz § 76 odst. 1).
